自2002年X档案的六年后,前联邦探员丹娜·斯科莉(吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰)调任某教会医院担任医师,福克斯·穆德(大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰)则过着隐居的生活,继续着对超自然现象的关注。某天,FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内,维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪,其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫(Billy Connolly 饰)声称看到了犯罪画面,因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入,穆德和斯科莉却发现案件的黑暗远远超出他们的想象。这对合作多年的搭档面临着巨大的考验……
本片为同名美剧的第二部剧场版。
故事的设定发生在当下,变种人族群遭到了前所未有的毁灭性打击,而这一切的根源是“魔形女”瑞文(詹妮弗·劳伦斯 Jennifer Lawrence 饰)在1973年刺杀了玻利瓦尔·特拉斯克(彼特·丁拉基 Peter Dinklage 饰)。在得知“幻影猫”(艾伦·佩吉 E llen Page 饰)利用穿越时空的能力帮助Blink(范冰冰 饰)等战友逃脱巨型机器人“哨兵”的追杀后,X教授(帕特里克·斯图尔特 Patrick Stewart 饰)和万磁王(伊恩·麦克莱恩 Ian McKellen 饰)达成认同,决定让金刚狼(休·杰克曼 Hugh Jackman 饰)穿越回1973年,找到年轻的X教授(詹姆斯·麦卡沃伊 James McAvoy 饰)和年轻的万磁王(迈克尔·法斯宾德 Michael Fassbender 饰)并说服他们一起阻止魔形女的行动。于是,金刚狼踏上了回到过去的旅程,但是命运会不会发生逆转,任何人都无从知晓。
变种人天启(奥斯卡·伊萨克 Oscar Isaac 饰)诞生于人类文明的最开端,被人类当做神一般敬仰膜拜,然而,这样的他,却遭到了他最蔑视的人类的背叛,被埋葬于废墟石砾之下,一晃眼就是数千年过去。
一场意外使得沉睡千年的天启从混沌中醒来,重返人间的他却发现曾经高贵的变种人,如今境遇十分糟糕。为了创造一个属于变种人的新世界,他找到了暴风女(亚历山德拉·西普 Alexandra Shipp 饰)、灵蝶(奥立薇娅·玛恩 Olivia Munn 饰),天使(本·哈迪 Ben Hardy 饰),还有想要过平凡生活却依旧遭到人类驱逐的万磁王(迈克尔·法斯宾德 Michael Fassbender 饰)组成了天启四骑士。在察觉到天启的动向后,X教授(詹姆斯·麦卡沃伊 James McAvoy 饰)带领着魔形女(詹妮弗·劳伦斯 Jennifer Lawrence 饰...
五年的追逐化为泡影,随着X档案的关闭,福克斯·穆德(大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰)和丹娜·斯科莉(吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰)被迫调任处理一些平常的案件。某天,美国得州达拉斯市发生一起爆炸案。虽然穆德和斯科莉极力疏散写字楼内的人群,但爆炸还是夺取了4名无辜者的性命,他们也因此受到上级的指摘。然而事后不久,穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡,所谓爆炸案不过是某个神秘部门为了掩盖证据而实施的骗局。该部门据说多年来一直从事外星人的研究,并且他们的研究足以导致人类的毁灭。两名搭档决定彻查此事,但是神秘且难以抗拒的力量无时无刻不在阻挠他们追寻真相的脚步……
本片为同名美剧的第一部剧场版。