革命历228年，冬。从属于E.U.联盟联军的W Zero部队中尉阿基德（入野自由 配音）迎来了与哥哥——布里塔利亚帝国圣米迦勒骑士团的团长信•修加•夏音度（松风雅也 配音）的决斗。成濑幸也（松冈祯丞 配音）制造的炸弹虽然摧毁了帝国13的战斗力，但是他们仍然面对着为数众多的对手。敌我差距悬殊，获胜希望渺茫。关键时刻，骑士团下的阿修罗队队长阿修雷・阿修罗（寺岛拓笃 配音）临阵倒戈，加入阿基德他们一方。决战前夕，阿基德剪下自己的一撮头发，交到蕾拉•玛露卡尔（坂本真绫 配音）的手中。　　历经战火的洗礼，他们之间的关系悄然发生着改变。希望还是绝望，前路迷茫……

ユーロ・ブリタニアとユーロピア共和国連合（E.U.）の戦争は大きな転機を迎えようとしていた－－。E.U.を混乱に陥れたテロリスト「方舟の船団」。それがユーロ・ブリタニアの計略だと見破ったアキトたちは、その本拠である大型飛行艇ガリア・グランデへ乗り込み、因縁の敵・アシ ュレイと激しい戦闘を繰り広げる。戦闘を見守るレイラだったが、突如アキトたちからの連絡が途絶する。必死の通信を試みるも、アキトたちが不在のヴァイスボルフ城がユーロ・ブリタニアの襲撃を受ける。戦力も無く、兵士もいないレイラたちの前に、聖ミカエル騎士団総帥のシンが操る黄金のナイトメアフレーム・ヴェルキンゲトリクスが森を駆け、圧倒的な攻撃力で迫りくる！wZERO部隊が絶体絶命の時、首都パリでは、スマイラス将軍によるクーデターが決行される。E.U.政権を掌握したスマイラスは国民に宣言する。「レイラは死んだ」。シンの絶望、レイラの悲しみ、そしてアキトの怒りを飲み込んで運命の歯車が回る！

E.U.联盟和布里塔利亚帝国的战争仍未迎来终结的时刻，而此时双方内部则悄然发生这足以引起严重连锁反应的巨变。张扬跋扈、不可一世的朱利叶斯•金斯利（福山润 配音）在枢木朱雀（樱井孝宏 配音）的陪同下取得了前线指挥权，凌驾于布列塔尼亚帝国所有权贵重臣之上。在纷纷扰扰的权力斗争中，圣米迦勒骑士团的团长信•修加•夏音度（松风雅也 配音）躲在暗处，相机而动。对手一方，名为“方舟船队”的革命组织扬言发动恐怖袭击，从而在E.U.控制下的巴黎引发暴乱，军方的反对派势力则趁机蠢蠢欲动。此前空降到华沙的阿基德（入野自由 配音）和蕾拉•玛露卡尔（坂本真绫 配音）等人因种种原因流落街头，他们遇到了一群奇怪的老太太，从而过上了几天难得的轻松生活，彼此间似乎也多了些心灵上的交流。　　这是风暴前夕最后的平静时刻……

革命历228年，E.U.联盟联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）和中尉阿基德（入野自由 配音）在巴黎期间化险为夷，将企图绑架吉恩·史麦拉斯将军（石冢运升 配音）的11区日本少年成濑幸也（松冈祯丞 配音）、佐山流（日野聪 配音）和香坂彩乃（日笠阳子 配音）招募到W Zero部队。在另一边的帝国内，信·修加·夏音度（松风雅也 配音）成功篡位，被封为圣米迦勒骑士团的团长，即将迎来和阿基德的宿命重逢。E.U.联盟对成濑等人充满不信任感，时刻密切监视着他们。不久，联盟决意将W Zero部队空投至帝国的腹地华沙执行死亡任务。蕾拉坚持和阿基德以及新加入的三个战士同往，等待他们的是圣米迦勒骑士团的强敌……

E.U.联盟和布里塔利亚帝国旷日持久的战争在皇历2010年发生转机，帝国派出压倒性的兵力突袭远东日。在很短的时间内，日本这个国家不复存在，从此作为“11区”写入历史。旧日本人民流往世界各地，饱受歧视，心中满是愤懑和不甘。2017年，E.U.联军132部队向圣彼得堡挺进，但遭到帝国军队的围困，面临全军覆没的危险。联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）将旧日本青年组成非正规军W Zero部队，并提出以这支部队营救132部队的建议。但是在最为凶险的前线，他们不过肩负着牺牲自己来营救友军的悲哀命运。惨烈的对决过后，W Zero部队的中尉日向瑛斗（入野自由 配音）成功完成任务。　　而战争还远远未曾结束，新的阴谋与危机浮出水面……

塔原直哉（佐藤利奈 配音）是一名单身父亲，独自抚养着女儿明日叶（田村由加莉 配音）。某日，直哉在求职的途中遇见了一名神秘女子，这位女子竟然施展魔法将直哉传送到了由梦魔族统治的尤各瓦尔兰王国中。 　　露蒂（钉宫理惠 配音）是王国的公主，依靠吸收男性的精气维生，然而，童年的意外遭遇让露蒂对男性充满了厌恶，而直哉则成为了她的后宫，随时待命准备侍奉露蒂。起初，露蒂只是将直哉视作派遣无聊的玩具，然而，随着时间的推移，直哉的善良渐渐吸引了露蒂，露蒂的心中竟然生出了对于直哉的好感。让直哉没有想到的是，女儿明日叶亦被传送到了王国之中，露蒂就此交上了人生的第一个朋友。

故事发生在昭和58年的一个炎热夏天，由于父母的工作调动，十六岁的少年九澄（小林优 配音）从繁华的大都市搬到了名为嫦娥街的山中小镇，一条小河将这个小镇分为了“新市街”和“旧市街”两个部分。在这里，九澄结识了新的朋友——个性积极开朗的摘花五十铃（加藤英美里 配音）和温文尔雅的大家闺秀朝雾要（渕上舞 配音），在好友的陪伴和鼓励下，九澄很快就适应了这里的平静生活。　　令九澄在意的是班上一位名叫栉名田眠（伊濑茉莉也 配音）的女生，当其他人都热情的围绕在九澄身边时，只有田眠对他冷漠相待。更让九澄感到疑惑的是，田眠曾经非常严肃的给予了自己“不要接近旧市街”的忠告。在那里，究竟隐藏着怎样令人毛骨悚然的秘密呢？

特别编“AIR in Summer”于2005年8月28日和9月4日于BS-i放映。 AIR “Summer”编的故事在2005年1月6日的版本中已经包含，“Summer”编动画故事内容长度比游戏的故事短了很多，其中多半是被删减或压缩。由于播出时大受欢迎，而决定推出特别编“AIR in Summer”填补原电视动画版的空间。　　故事是在原TV版第8话中段开始接轨，加插了大量柳也、神奈和里叶出发去寻找妈妈的旅途中所发生的事情。该OVA包含了游戏Summer篇涵盖所有的内容（Summer篇本身为单线无选择），有认为该部分表现力比之游戏原作更为精彩，为整部动画添色不少。

特别编“AIR in Summer”于2005年8月28日和9月4日于BS-i放映。 AIR “Summer”编的故事在2005年1月6日的版本中已经包含，“Summer”编动画故事内容长度比游戏的故事短了很多，其中多半是被删减或压缩。由于播出时大受欢迎，而决定推出特别编“AIR in Summer”填补原电视动画版的空间。　　故事是在原TV版第8话中段开始接轨，加插了大量柳也、神奈和里叶出发去寻找妈妈的旅途中所发生的事情。该OVA包含了游戏Summer篇涵盖所有的内容（Summer篇本身为单线无选择），有认为该部分表现力比之游戏原作更为精彩，为整部动画添色不少。

The story of the movie is somewhat based on the plot of the most recent game, Sakura Wars 3, released back in March this year. While the game features Lieutenant Ohgami, the main character who takes off for Paris, narrates one side of the story, the movie unveils the secrets behind Hanagumi. Ohgami leaves for Paris, consequently leaving Hanagumi without a leader; thus a new character will be introduced here. To be replaced with Lieutenant Ohgami is the former leader of Hoshigumi, Rachette Artile - a rationalistic and distinct individual, who brings about serious problems to Hanagumi. The members are now in discord with Rachette. Meanwhile, Teikoku Kagekidan was being threatened by some irrelevant demons and a new type of anti-kouma mechas, (brought by an american company) appears and tries to replace the koubu-kai. Having made repeated mistakes due to the absence of Ohgami, Hanagumi is now faced with an unprecedented danger, while the abolishment of Teikoku Kagekidan Hanagumi is being schemed.