萨米(比利·安格 Billy Unger 配音)和雷(卡洛斯·麦卡勒斯 Carlos McCullers II 配音)带着孙子艾拉(Shyloh Oostwald 配音)和瑞琪(Carter Hastings 配音)出海游玩,却不幸被人类的渔船捕获,它们的目的地是全球最豪华的人造水族馆,这也就意味着,一旦它们到达那里,就再也无法获得自由重回大海了。 龙虾露露(乔·托马斯 Joe Thomas 配音)、怪鱼金宝、小丑鱼塔茨,在船上,萨米和雷结识了一群和它们同病相怜的海洋生物们。它们不仅要在坚不可摧的穿上找到突破口,还必须提防野心勃勃的海马老大,这位狂妄武断的独裁者,它设计出的逃亡方案是否能够行得通呢?除此之外,失散的爷孙四人又能否再度团聚呢?
延续前一集的剧情,狮子亚历克斯(本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音)、斑马马蒂(克里斯·洛克 Chris Rock 配音)、长颈鹿迈尔曼(大卫·休默 David Schwimmer 配音)、河马格洛里亚(贾达·萍克·史密斯 Jada Pinkett Smith 配音)以及企鹅们,为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约,对一架破旧的失事飞机进行维修改造,并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时,飞机却意外降落,迫降到了非洲大草原上。在这儿,狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太多不一样,而且言行举止各异,使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们,在这野外艰难的环境中应该怎么办?虽然在这儿遇见了自己的同类,但因为习性不同,使得自己无法完全融入他们的群体。为了能融入环境,与同类们建立良好的关系,大家都是施展各种招式,笑料百出。