许悦，一个有着良好传统教育的80后，与小时候一起，长大后移居美国的邻家妹妹米恩再次相遇。米恩租住了许悦隔壁的房子，两人再度开始邻居的生活。许悦受家庭得影响，讲究做人真诚、善良、乐于助人，绝不做对不起良心的事，以此为原则生活了28年。在公司许悦通过自己的努力，升职为公司技术总监。与此同时，许悦遇见了侄女果果的班主任路涵----一个让他一见钟情的女人，两人互生好感。许悦求果果帮忙出主意，好趁机接近路涵，果果在学校意外伤人的事件，路涵主动帮助许悦，使得许悦和路涵之间感情升温。事业和爱情两得意之际，公司高层却发生巨大变故，支持许悦的总经理离职，副总对许悦进行排挤压迫。米恩发现路涵另有个有钱男朋友，怕许悦受骗，生性直爽的米恩在许悦、路涵约会是突然出现，当面道出路涵由男友的实情许悦陷入矛盾。由于总经理的离开，许悦希望和同事们为了公司的发展和副总斗争，可是同事们却在利益诱惑下抛弃许悦选择继续留在公司，许悦大失所望。许悦希望路涵能够摆脱对男友的物质依赖，独立自主，路涵却放弃了许悦。 　　许悦的父亲许承恩是个非常重视亲情的人，对许悦的三个姑姑和表弟表妹们都非常照顾，可却养成了他们理所当然的毛病，围绕一笔莫须有的拆迁款，大姑的儿子李明，怀疑许承恩私吞拆迁款，怂恿所有家庭成员对许承恩进行质问，这令许悦愤怒不已。许承恩不但不介意李明对自己的责难，还介绍李明到自己的单位工作，李明来到许承恩的单位工作，不仅没有认真工作，还借助许承恩副教授的身份四处招摇，最终为掩盖自己得过失，陷害许承恩，许承恩被迫暂停职务在家休息。 　　一系列的变故，让许悦对于父亲的教育产生严重质疑，认为当今高速发展的社会，传统道德已经被抛弃，以金钱为上才是目前做人的根本。在这样的变故驱使下，许悦内心发生天翻地覆的变化。许悦不惜损害朋友、前公司的利益为自己谋取好处，并对曾经排挤过自己的副总，陷害过许承恩的李明进行报复，可这一切并没有给他带来快乐，反而让朋友亲戚更加疏远他。父亲看到许悦的变化很生气，好友汪兆冰也对许悦很失望。所有的一切米恩都看在眼里，米恩依旧支持陪伴在许悦身边，并帮助许悦重新认识自己，使得许悦明白自己真正想要的是什么，改正之前的错误，重新做回一个正直的自己。 　　许悦好友汪兆冰鄙视拜金女，经常以道义的名义假扮有钱人欺骗拜金女感情。在一次行骗中，遭遇婷婷。婷婷痛恨无视他人尊严的有钱人，汪兆冰反过来被婷婷骗了两万元。当汪兆冰再度遇见婷婷时，发现婷婷竟然是米恩的好友，汪兆冰了解婷婷的真实想法，不仅不责怪婷婷，反而欣赏婷婷的做人原则，并希望追求婷婷。婷婷对于汪兆冰起初没有好感，随着与汪兆冰的相处逐渐改变了印象，婷婷妈从外地来看婷婷，汪兆冰被雇假扮婷婷男友，在婷婷妈面前让婷婷进一步对汪兆冰改观。汪兆冰积极追求终于感动婷婷。 　　许悦在米恩的帮助下，重新找回自己，看着一直在身边不离不弃的米恩，许悦的心理慢慢产生变化。他用开玩笑的方式试探米恩是否愿意做自己的女朋友，得到肯定的回复。许悦终于 　　冲破从小兄妹的既定印象，和米恩在一起。可是两个人在一起后尴尬的发现；只要两个人一接吻，双方都会笑场。米恩、许悦和婷婷、汪兆冰两对情侣成为邻居，却遭遇人生理念，生活习惯等诸多不同引起的矛盾，婷婷的前男友出现，方洪生及路涵的介入，让两对情侣的矛盾越发激化，在矛盾中四个人学会成长，包容，更多的理解对方。 　　路涵的再次出现打破了许悦米恩平静的“二人世界”，路涵主动提出愿意放弃原来的生活和许悦重新开始。许悦明确拒绝了路涵，路涵失望并提出与许悦拥抱道别，拥抱被米恩看到并产生误会。米恩赌气，告诉汪兆冰自己去全国旅行，许悦得知米恩离家出走要全国旅行，陷入深深的自责。许悦踏上寻找米恩的旅途。最终两人在天涯海角再次重逢，重逢的喜悦冲破了儿时的兄妹感情，两人在海南的沙滩上激情热吻。。。。。

据福斯电视部门老大加里·纽曼透露，新一季《X档案》可能因主演档期问题，延后至2018年底或2019年播出。但有望由上季的6集扩充至10集。作为经典剧集，《X档案》一直有着一批忠实粉丝。即使在停播了14年后，于2016年初播出了全新的故事，首集便吸引到1350万观众收看。

到这季开始时，X档案已是家喻户晓的科幻影集了。虽然仍被某些人认为太过偏激，但在金球奖艾美奖纷纷获得肯定。今年仍是一贯过去的风格，但加入了许多穆德、史卡利个别的个人生活。穆德的另一资料来源-X在今年死亡。另外一重大发展则是史卡利发现自己患有癌症，住院治疗，病情虽稳定住，但仍有危险。本季也介绍了癌人的年轻时代，向观众交待他的历史。本季也包括了一集喜剧，相信看过的朋友都知道。本季结束于穆德在从阿拉斯加调查回来后对生命厌倦，而举枪自杀。

美国FBI探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼DavidDuchovny饰）童年时曾经历一起离奇神秘的绑架案，他的妹妹萨曼莎在睡梦中被外星人劫持，至今下落不明。从此穆德便专注于神秘事件的研究，并专门负责FBI总部的X档案部门。因穆德行事乖张，难以驾驭。FBI高层从联邦调查局学院调来女性探员黛娜·斯科莉（吉莲·安德森GillianAnderson饰），表面上是协助穆德工作，实际上是希望这名崇尚科学的理性探员能够制约穆德的行为。两人最初的合作并不理想，完全不同的思维模式时刻导致争论的爆发。但随着各种离奇案件的出现以及两人交往的加深，穆德和斯科莉最终变成可以为对方出生入死的可靠伙伴……本片荣获1996~1999年度美国作曲家、作家及出版商协会影视音乐奖电视剧集第一名以及其他电影节近70个奖项。

继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。

谁也不曾想过，七十年前那期神秘的罗斯威尔事件，时至今日仍对全体人类产生着如此巨大的影响。并且鲜少有人窥见真相的全貌，即使它就在那里。某天，过着颓废生活的前联邦探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼DavidDuchovny饰）以及他最为信赖的搭档——正在某某教会医院担任医师的丹娜·斯科莉（吉莲·安德森GillianAnderson饰）重新聚在一起。原来一档旨在揭露政治黑幕节目的主持人找到他们，希望二人披露政客利用外星人来控制人类的真相。以此为契机，关闭已久的X档案重新开启。一度对各种离奇事件失去信心的穆德，在斯科莉的陪伴下重新踏上征程。而这一路上，层层隐藏起来的真相以及人类可怕的未来，将相继呈现在他们的眼前……

沿续上一季的剧情，穆德被印第安人朋友Albert Hosteen救了性命。X档案的编剧似乎有用不完的点子。这季内容包括了湖中水怪、能控制人意识的精神病患、唐人街上的纷争、二次大战时日本的人体实验等等。

Mulder在医院被Fowley监管着。他想办法请来了Skinner和Kritschgau来帮忙，他们了解到Mulder拥有了CIA一直在研究的读心术。Scully在象牙海岸寻找治愈Mulder的办法。Mulder的病情加重了。

在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了。

X档案关闭后，穆德（DavidDuchovny大卫•杜楚尼饰）和斯科莉（GillianAnderson吉莲•安德森饰）被分开。穆德受命执行监听工作，斯科莉则回到学院读书。某日国会议员麦特森（RaymondJ.Barry饰）向穆德透露一条消息，称在波多黎各接收到外星人的电讯。为了在特种部队之前找到外星人的证据，穆德只身前往。得知消息的斯科莉赶到穆德住处，从电脑中的旅客名单中找到线索，尾随来到波多黎各。在波多黎各阿雷希伯，穆德偶遇一个当地人，并从他手里得到一幅外星人的画。但不久后此人便离奇死去。穆德最终能否找到外星人来访的证据？