隋唐末年，天下大乱，人民生活在水深火热之中。李世民因屡立战功遭太子妒忌，被父王冷落。李世民心有不甘，立志干番大事，他私自过河，却暴露了行踪，被郑国大将王仁则追杀，被村里行侠仗义的张宝全和他的儿子小宝搭救，将他藏匿于山中。王仁则搜查后，发现李世民，张宝全为救李世民被王仁则乱刀砍死，小宝负伤逃走，被少林寺的昙宗高僧所救。李世民也逃进了少林寺避难。小宝康复后，立下毒誓，要为父亲报仇雪恨。昙宗熬不住他的苦苦相求，偷偷教授他武艺，小宝勤学苦练，武艺突飞猛进，后来，不但演绎出传颂千古的佳话——十三棍僧救唐王，还为父亲报仇雪恨。与此同时，小宝与昙宗法师的闺女白无瑕情投意合。

在少林寺传奇3的演员阵容颇为豪华，除了第一部的李渊、谢苗、孙卉凝、潘元甲等老班底，还加入了嵩山少林寺武僧--徐鹏军（法名：释延君）和武打童星曹骏，全国武术冠军许明虎，以及大哥大--洪金宝的加盟！另外，鲍国安将再次与都晓导演合作，出演《少林寺传奇3》。曾在《少林寺传奇1》中，鲍国安饰演剧中的少林寺方丈，深受观众的喜爱，这次鲍国安老师再次扮演少林寺方丈。计春华则将从以往的反面变身正派！

隋朝末年，天下大乱。各路诸侯，自立为王，硝烟不断，百姓遭殃。十三个平民百姓虽然出身不同，但都被乱世所害逼入绝境。经历了无数的腥风血雨，他们怀着家仇国恨，循入空门。但是黑暗势力依然不放过他们，死亡当头，他们为求自保，苦练武功。为了天下太平，这十三个和尚救护明君李世民，灭掉了凶残的王世充，演出了一曲英雄壮歌。 　　太尉“王世充”野心勃勃企图篡位夺权，胁幼主“杨侗”，屠杀异己。他感到天下武林人士是他极大威胁，便下达“禁武令”；其侄子“王仁则”、义子“王仁义”武功高超，充当犬鹰。短短的一个月内，洛阳地区的武林门派如：神剑山庄、白猿圣手、霸王枪、龙爪派、银钩门等等，几乎被扫除殆尽！最后的箭头，指向与世无争，红尘不到的方外净地“少林寺”。 　　昙宗，是少林寺的武术总教头，武功冠绝武林，王世充为收归己用，命王仁则送请帖上少林，强邀昙宗前来，并设下“板凳阵”、“内功”、“机关”和“蒺藜阵”重重考验，欲聘之为府中“首席教头”；无奈昙宗一心向佛，淡薄名利，婉言谢绝。但王世充并不放过，他将自己八年前，谋害江都督造“张衡”一家的灭门血案，嫁祸给了昙宗；致使张衡的长子“张天保”，背负可怕的暗器箱，夜闯少林寺，暗放毒蛇、三番两次，要置昙宗于死地！他还买通卖艺人“佟锐”、“佟铃”兄妹，设下夺命陷阱欲害昙宗…… 　　为了充填自己的金库，王世充又假公济私，抄了洛阳首富“高达”一家，杀掉高家36口人，吞没所有产业，唯独高家的浪荡公子 “高飞扬”侥幸逃过一死。为了报仇，高飞扬深山学艺。面对王世充的无情追杀，慌不择路的高飞杨闯入魏王“李密”的军营，结识憨厚的大块头“九斤”和一代袅雄程咬金。没想到李密又投向了王世充。高飞扬随“程咬金”、“秦琼”两位名将，以及九斤四个人，委曲求全，寄身于虎穴之中，危机环伺，他们随时可能送命…… 　　佟锐、佟铃兄妹在洛阳城本以卖艺为生；怎知被性好渔色，蛮横的王仁则看中，处心积虑霸占佟玲，幸得朴实的农民“周锦福”相助，暂时躲过了一劫；佟玲和兄长失散，无依无靠，便住进周家，两人耳鬓厮磨，日久生情，论及婚嫁，却撞见了兄长。佟锐反对婚事，在这时候佟铃，再次被王仁则所掳，抵死不从，逼得她自杀身亡；王仁则的恶行，令佟锐、周锦福痛恨不已，两人武功虽然不济，却滋生报仇之心…… 　　王世充疏于政事，听从江湖术士“桓法嗣”之言，残害忠良，欲夺权篡位；桓法嗣表面辅佐王世充，其实想加速其灭亡…… 　　斯时，昙宗隐隐感觉到，烽烟四起，天下已经大乱，为了保寺济民，创立了“罗汉奇门棍阵”；此阵由“八卦”、“五行”组成，必须齐聚十三人。于是，昙宗边躲避王世充追杀，边寻觅可造之材，历尽艰险，收录农民周锦福、官宦子弟张天保、落魄大少高飞扬、江湖艺人佟锐、阴沉术士桓法嗣、嗜武如狂的“姚汉武”、憨直的马弁九斤、改邪归正的“王仁义”，以及少林寺的“僧丰”、“僧满”、“道广”、“智守”和昙宗本人组成了棍阵！ 　　张天保与王世充的女儿王玉凤青梅竹马，自幼订有婚约。王世充为博得隋炀帝之宠，杀害了张衡一家。长子张天保侥幸逃脱。王世充却别有用心的留下弟弟张天永，并改其名为“王仁义”！……一场情人诀别、兄弟争斗更加残忍。让人刻骨铭心。 　　李世民为救民于水火，领兵讨伐洛阳城；王世充守城不出，两军隔河对峙！李世民为达目的，率秦琼、程咬金微服渡河刺探军情；不料被王仁义所擒。王仁义立下大功，野心勃勃，想先成为郑国驸马，再除去那王仁则，进而登上大位；最后，收拾王世充以报家仇！可惜事迹败露…… 　　昙宗为了早日天下太平，便自告奋勇率领弟子，冒死潜入了洛阳城营救李世民；他们师徒十三人，冲进固若金汤的天牢，里面机关遍布，处处要命……昙宗请缨率领弟子们，施展少林绝技，攀越城头来到王宫劝王世充放下屠刀，立地成佛。王世充执迷不悟，命大队的禁军狙杀……好一场恶战。历史证明。没有十三棍僧就没有大唐王朝。 　　唐军获得空前胜利，李世民封昙宗为“大将军”，请他与十二僧随之征讨！昙宗清心寡欲，不愿为官，他情愿回少林寺，重整寺院，振兴少林武学，其高超的情节，不仅受李世民钦佩，也令世人永远景仰！

南北朝时期，连年战乱。一悟道高人，姓姬，名神光，看破红尘，欲皈依佛门，来到少林，要求达摩方丈为之剃度出家。姬神光在雪中侍立三天三夜，达摩方丈不愿收留，说，要我收你为徒，除非天降红雪。姬神光出家决心已定，乃自断左臂，天遂降红雪。达摩为他的诚心所感，遂收为弟子，赐法名慧可。 　　十五年后，达摩已圆寂，慧可成为少林寺第二代方丈。手下有五个得意弟子：依序为：惠橼、惠石、惠努、惠忍、惠空。都习练武功，各怀绝技。 　　慧可方丈潜心清修，禅悟精深，成了当朝太后的经师，经常进宫为太后讲经说法。洛阳王高奇是方丈的故旧相识，来找慧可方丈下棋。慧可说起，近来尘事纷扰，弟子们都难以静心清修。洛阳王说，朝廷在扩充后宫，让各地征召民女送进宫中，催逼得很急，圣命难违。按前朝规制，后宫已经过于浩繁，但如今废立频繁，战乱又多，谁得了天下不想及时行乐?

大明嘉靖王朝，倭寇猖獗，严嵩父子把持朝政，不事抗倭。将领戚继光虽有报国之志，但面对困难的局面有些力不从心。在倭寇的杀戮中，少年月空失去了母亲，大脚僧搭救了月空，把他带到了少林寺。15年后，月空随方丈出席祭海大典，路遇日本女孩一本秀子和剑客风语，活泼的日本女孩秀子爱上了月空。在少林寺，秀子谎称是月空的妻子，引起轩然大波……

清末，“闽南技艺团”团主刘炮在率团为慈禧太后的宝贝公主白雪格格的大婚典礼做庆贺演出时，被欲报父仇的洪坤利用，卷入一场暗杀慈禧的阴谋。刘炮为求脱身而掳走了白雪格格，在逃亡途中二人暗生情愫。白雪决定陪刘炮赴台追查洪坤的下落，不想到台湾后即无意间卷入了七崁之间的矛盾纷争……

该剧反映，1933年8月5日和9月3日，为响应党和苏维埃政府的号召，继续扩大红军，壮大武装力量，粉碎敌人的第五次"围剿"，中央红军先后在博生县（如今的江西宁都县）组建了一支全部由模范青少年组成的特殊部队——"少共国际师"，该师被授予中国工农红军第十五师番号。这支 10000余人的年轻部队，当时平均年龄不足18岁，是一支人类历史上绝无仅有的，全部由少男少女组成的娃娃部队。这支部队在第五次反"围剿"战斗和长征过程中，及后来的革命工作中都做出了巨大贡献，很多少年英雄后来成长为新中国的一代将才……

烧锅屯的村民连续十年拖欠国家税款，而且拒绝干部进村，村民在村头挂了一口钟，每当上级派干部来，钟声便响起，村民闻声而动，阻拦干部进村…… 　　此事被新闻媒体披露，引起了普遍关注。为了彻底解决烧锅屯的问题，县委抽调组织部副部长杨天虹任队长，带领一支“三个代表”思想学习教育工作队再次进驻烧锅屯。 　　杨天虹带着队员克服重重阻力迎难而上，忍辱负重，深入群众，为村民办实事，先后解决了集资款、土地、儿童失学等问题，最终促成老党员“贺铁腿”转变，教育了“二老道”、“赵铁嘴”等落后农民，赢得了民心，使烧锅屯终于改变了落后的面貌……

朱秀容（关咏荷 饰）经营着一间烧饼铺，生意极好，誉满京城。尽管朱秀容容貌端庄秀丽个性又热情开朗，但家中有一十分难缠的瞎母（吴云芳 饰），因此屡屡吓跑想要山门提亲之人，于是，年近三十的朱秀容至今依旧孤身一人，待嫁闺中。 　　萧璃（关咏荷 饰）贵为皇后是高高在上的一国之母，然而却三年为见夫君，只因为皇帝沉迷于木工活中无心管理朝政，更无心顾及妻子。这两位个性和身份的迥然不同的女子，却因为极为相似的容貌而被命运联系到了一起，大大咧咧的朱秀容误打误撞进了宫，而温婉可人的萧璃则遭到了丞相之妹梁凤（刘洁 饰）的追杀，躲进了烧饼铺，两段人生就此逆转。

山湾村的胡支书，为讨好本村残疾青年雨生的姑父，当今县里的副县长，应诺一定要为雨生找个好对象。但竟未有一位姑娘肯嫁他。情急之下胡支书找本村青年亮子做了雨生的替身，与杏树洼村的姑娘娟子相亲，心灵手巧的娟子苦于家贫母病，观亮子仪表堂堂便应了亲事。新婚夜骗局泄露，娟子愤怒之急，踢伤雨生。娟子状告此事以求还已公道，但苦于状告无门，娟于重返杏树洼，雨生一家苦求娟子。娟子顾及到雨生家的彩礼，无奈地回到雨生家。胡支书为稳住娟子安排她作了村里的会计，雨生身体不好，下地的活全都落在娟子身上，亮子一直在为骗婚之事而自责，他找到正在铲地的娟子向她解释了这一切。胡支书的外甥女紫花爱着亮子，而胡支书一心要把紫花嫁给乡农业技术员田大伟，经过接触，亮子与娟子彼此滋生了爱慕之情，被紫花发觉，于是紫花设计诱迫亮子与自已发生了关系，并胁迫亮子娶她为妻。亮子为结婚之事左右为难，但梦想身居支书宝位，有了权，就有好生活的亮子，还是决定娶紫花为妻，当娟子得知此事后流下了伤心的眼泪。乡里发展党员，而胡支书却在亮子和娟子之间选择了娟子，并发展她为预备党员，这是为什么？紫花情急之下找胡支书，道出了他的真正目的，胡支书的儿子胡天成，横行乡里，他垂涎本村的秀红已久，以帮助为明，伺机霸占秀红。一日胡天成见秀红独自干活，于是强迫秀红，秀红不从，情急之下砍伤了胡天成，不想胡天成恶人先告状，并作伪证，秀红为难之际找到了娟子，娟子为其写了述状，亮子也出庭作证，但却惹恼了胡支书。新上任的乡党委袁书记到山湾村搞调研，娟子不满胡支书欺上瞒下的作法，于是向袁书记报告了村里工作实情，乡里考虑到娟子年青、有文化、有思想、有干劲，经研究委任她担任了代理副村长。胡支书认为这是削弱了自己的权力，向乡里提出辞呈报告。娟于上任后，决心不负众望，为村的脱贫致富而四处奔走，终因条件限制而一筹莫展，恰好，她的同乡朱永发，一个刚刚发起来的款爷，找到了娟子，提出要与山湾村合作创办砖瓦厂。对于办厂，村民们的态度不积极，这究竟是什么原因？原来是胡氏家族的作用，要致富先修路，胡氏家族的人不但不修路，还处处为难娟子，祸不单行，这时雨生病重，恰是雨季在去医院途中娟子背着雨生一同被洪水卷走，所幸被人搭救。娟子即要挂着雨生，又要忙于修路，亮子为了帮助她出面向亲戚租来了推土机，工程大大加快了，但路修到胡家的宅基地时，胡天成又来滋事，娟子痛斥横霸乡里的胡天成一伙，毅然推掉了宅基地，从而打消了胡的气焰。可此时雨生不幸病故，在胡天成的蛊惑下，雨生家人又起诉娟子。乘娟子到县城办事之际，胡天成散布谎言，滋事率众抢了建厂的物资，当娟子面对废墟般的工地气愤之极，找胡天成说理，胡天成等人以被打找娟子要医疗费为由，抢了娟子家，亮子报信。乡袁书记即招集有关人员驱车赶到了山湾村，当公安人员抓捕胡天成等人时，娟子为胡天成担保。当工程进入关健时刻，朱永发却不见了。原来朱永发为一个女人而几天不来工地，娟子为尽快建好厂，没收了朱永发的汽车钥匙，朱永发见娟子急切要建好砖瓦厂，提出了使人难以接受的条件，娟子为了乡亲为了瓦厂，违心接受了条件，屈辱悲愤的娟子，道出了从未说的话，朱永发似乎明白了什么？朱永发悄然回到山湾村。紫花因亮子时常帮助娟子而醋性大发，经常与亮子吵闹，赶巧遇见朱永发，两人便走到了一起。紫花与朱永发的奸情被亮子发觉后，心理受到沉重打击，但为了能将朱永发留在山湾村，早日将砖瓦厂建起米，他忍受了这一切。砖瓦厂初见成型，袁书记非常高兴。亮子饭后，借酒劲向娟子吐露出了内心真情，他要和紫花离婚和娟子结婚。砖瓦厂建成了，县领导对娟子率领全村人，艰苦创业的成就给予了充分肯定，袁书记告诉娟子，有关她的那件案子，原告已撤诉了，过去的事就让它过去吧。并鼓励娟子好好干，紫花拿着与亮子的离婚证书跟朱永发走了。砖瓦厂一片繁忙景象，山湾村变了，山湾村的人们似乎都长大了许多，人们真正感到真诚友谊的存在，胡支书与娟子俩交心常谈，取得了谅解，并要为娟子和亮子说亲。紫花跪在了娟子的而前，求她离开亮子，娟子答应了……娟子参加公务员考试，被乡政府录用消息一经传出，招来众乡亲，乡亲们对娟子依依不舍，请求娟子别走了，娟子能否留下吗？